La craneopuntura nació de la práctica de punturar puntos en la cabeza apoyandose en los fundamentos de la acupuntura tradicional china. En un inicio solo se trataban los puntos que trataban los transtornos mentales y los organos sensoriales.
Fué entre 1950 y 1960 Fang Yunpeng de Shan’xi i Tang Songyan quienes empezaron a usar la craneopuntura y la perfeccionaron. Como resultado de la práctica clínica aparecieron 3 escuelas Jiao, Fang y Zhu con estilos y puntos de vista diferentes.
La escuela de Jiao, que fundó Jiao Shunfa, defiende que el qi del meridiano está correlacionado transversalmente y se aplica a las 16 áreas proyectadas del cerebro en el cráneo.
La escuela de Fang, que fundó Fang Yunpeng, defiende la imagen proyectada prona del cuerpo humano, con la cabeza hacia delante i las piernas hacia atras, y dividiva en 7 zonas.
La escuela de Zhu, que fundó Zhu Longyu, defiende sobre la region parietal la imagen proyectada supina del cuerpo humano, con la cabeza hacia atras i las piernas hacia delante, y dividida en 3 zonas (los 3 jiao), jiao inferior, jiao medio y jiao superior.
En 1983 la Sociedad Nacional de Acupuntura elaboró el proyecto internacional de estandarización para la localización de los puntos de craneopuntura. En 1989 fue adoptado por la Conferencia del Grupo de ciencia para la nomenclatura estándar internacional de los puntos de acupuntura organizada por la OMS. Y en 1991 la OMS presentó la nomenclatura estándar internacional para los puntos de craneopuntura.
Esta estandarización define la craneopuntura en cuatro áreas y catorce líneas terapéuticas.
Por otro lado a finales de 1960 el Dr. Toshikatsu Yamamoto fundó la Yamamoto New Scalp Acupuncture (YNSA), que se centra en el tratamiento de trastornos neurológicos y tratamiento del dolor. Esta escuela se ha expandido tanto en los últimos años, que mucha gente cuando habla de craneopuntura piensan directamente en la escuela de Yamamoto.